2259年初，约翰·谢里丹上尉接替辛克莱成为车站的军事总监。他和指挥人员了解到，圣地亚哥总统之死实际上是副总统克拉克策划的暗杀（他在圣地亚哥去世后担任总统）。巴比伦5号指挥部和Psi军团之间发生了冲突，Psi军团是一个越来越专制的组织，负责监督和控制人类心灵感应者的生活。指挥官伊万诺娃，空间站的二把手，秘密地是一个潜在的心灵感应者，他非法避免在Psi军团注册。